Akkurat som at trening- og auditeringsbroen gir en omhyggelig oppmålt, trinn for trinn, sti til åndelig frihet, som består av stadig stigende nivåer, så er de kirkelige organisasjonene i Scientologi-religionen arrangert i en hierarkisk struktur som avspeiler disse nivåene. På de lavere nivåene av dette hierarkiet finnes individuelle prester som arbeider i et område (feltprester), grupper og kirkemisjoner, som gir auditering og trening på begynnernivå, og på de øvre nivåene finnes større kirkelige organisasjoner som gir de avanserte nivåene av religiøse servicer i form av auditering og trening.
Det finnes en internasjonal ledelse, som dekker alle kirker og som støtter, samordner og bidrar til aktiviteter for å sikre at den mentale åndelige filosofien og teknologien i Dianetikk og Scientologi, som er utviklet av L. Ron Hubbard, står til rådighet for enhver som ønsker å motta den, og at servicer i Scientologi blir anvendt nøyaktig som L. Ron Hubbard fremla dem.
Som et alminnelig forhold er hver Scientologikirke separat registrert og har sitt eget lokale styre av avdelingsledere og direktører, som er ansvarlige for deres egne aktiviteter og gode tilstander, forretningsmessig så vel som kirkelig. Samlet utgjør disse kirkene et omfattende internasjonalt nettverk av mer enn 5000 kirker, misjoner og grupper. Nesten 22 000 scientologer er stabsmedlemmer i disse kirkene og misjonene, og i tilknyttede grupper og organisasjoner i hele verden.
